Förändringar av bakteriers gener kan orsaka motståndskraft mot antibiotika.
Dessa förändringar kan kartläggas genom DNA-sekvensering, och nu startar ett internationellt forskarnätverk – lett från Chalmers och nederländska Erasmus University Medical Center – med målet att ta de snabba framstegen inom sekvensering till vårdens dagliga diagnostik.
Det skulle ge ett viktigt verktyg i kampen mot antibiotikaresistens.
DNA-sekvensering är en teknik som kan avslöja exakt vilka gener en bakterie har i hela sin arvsmassa, för att ge snabbare och mer träffsäkra resultat. Tekniken utvecklas snabbt, men det finns flera utmaningar som behöver lösas innan den kan användas effektivt inom sjukvården.
Erik Kristiansson, professor i biostatistik och bioinformatik på Chalmers, är en av två ledare för det nystartade forskarnätverket Integrating Microbial Sequencing and Platforms for Antimicrobial Resistance, som ska identifiera dessa utmaningar och ta fram lösningar och en handlingsplan för dem.
Som expert inom dataanalys, bioinformatik och artificiell intelligens arbetar han med nyckelfrågor inom storskalig DNA-sekvensering av bakterier – hur man ska hantera och tolka de enorma datamängder som skapas, och som någonstans innehåller koderna för eventuella gener och mutationer för antibiotikaresistens.
– Nätverket är unikt genom sin tvärvetenskaplighet, säger Erik Kristiansson. Medlemmarna är experter från både akademin och industrin inom bland annat infektionssjukdomar, bioteknik och mjukvara. Därför kan vi ta ett helhetsgrepp om de många faktorer som påverkar spridningen av resistenta bakterier i samhället.
– Visionen är att DNA-sekvensering successivt ska bli en del av rutindiagnostiken på sjukhus. Kanske till och med på vårdcentraler. För sjukvårdens del är det förstås viktigt att denna utveckling inte får ta för mycket tid och pengar i anspråk, så kunskapsspridning och utbildning kommer att vara en viktig del för nätverket.
Nätverket ska hjälpa sjukvården att öka sin kapacitet och kompetens när det gäller gensekvensering av alla sorters mikroorganismer. Det gäller också virus – ett mycket aktuellt område under pandemin eftersom sekvensering är det verktyg som används för att övervaka coronavirusets mutationer. Även veterinärmedicinen kommer i förlängningen kunna dra nytta av resultaten från nätverket.
